doch, ssh würd schon was bringen, da kannst du das SCP verwenden. das ist praktisch filetransfer über ssh.
ein client wäre winscp (http://winscp.net/eng/docs/lang:de), schau hald in den features ob der alles kann was du brauchst.
server für windows: http://sshwindows.sourceforge.net/
für linux und derivate gehts sicher einfacher, da bringt praktisch jedes *nix einen sshd und ssh client mit.
ssh braucht eigentlich nur einen tcp-port, und der traffic ist an sich nicht zu analysieren, da verschlüsselt.
jedoch: filezilla und co können alle ftp over ssl, und wenn dein provider zb port 21 blockt, stell das doch einfach um?