Ich würde auch erstmal die VOBs rippen - einzelne sequenzen kann man zB mit TMPGEnc als MPEG2 herausspeichern (ohne reencoding) - und danach die einzelnen clips neu encoden (megui wär mein favorit).
kenn mich mit flash nicht aus, aber kann man die MPEGs nicht direkt in flash konvertieren? (also ohne den schritt mpeg to divx/xvid/x264)