Mal sehen, ob ich das richtig verstehe:
Du hast einen Kunden und dieser hat z.B. eine Liste von Bestellungen.
Jetzt willst du, dass wenn du den Kunden persistierst, auch die Bestellungen gespeichert werden. Wenn es das ist, dann suche mal nach „cascade“. Damit kannst du einstellen, wie Hibernate mit referenzierten Entities verfahren soll.
Was ich nicht verstehe ist, was du mit long running session bzw. mit „Änderungen […] merken“ meinst?
Das mit dem „Beenden-Fenster“ ist am einfachsten mit einen modalen JDialog zu lösen, in den du deine ComboBox hinein gibst.
Den Dialog erzeugst du dann so:
JDialog dialog=new JDialog(ownerFrame,“put your title here“,true);
//add combobox to dialog
dialog.setVisible(true);Der ownerFrame ist dein Hauptfenster, das blockieren soll und das true sorgt eben dafür, dass der Dialog modal ist, und somit zuerst der Dialog geschlossen werden muss (bzw. in deinem Fall eine Auswahl vorgenommen werden muss) bevor im ownerFrame weitergemacht werden kann.
In deinem Listener für die ComboBox musst du dann nur noch den Dialog wieder schließen, und es geht weiter.