Die zahlreichen Belege dafür wären mir unbekannt. Hättest du Beispiele? Das von LordNecro beschriebene Problem ist noch das komplexeste, das ich bisher gesehen habe.
Also ich hab mir jetzt auch mal das Kapitel aus der langspec durchgelesen, und es klingt tatsächlich alles recht naheliegend und unkompliziert. Nachdem ich mit Java aber typischerweise eher auf der Bytecode-Ebene zu tun hatte, weiß ich von dort, dass es schon einige Überraschungen im Zusammenhang mit protected gibt, z.B. http://dow.ngra.de/2008/11/03/when-protected-isnt-protected/