Ich weiß dass eine frühere Version von mySQL mal keine Subselects kannte, aber ich weiß nicht mehr genau bis zu welcher Version das so war. Soweit ich weiß werden sie von aktuellen Versionen aber unterstützt (ohne Gewähr). Probier es mal mit einfacheren Beispielen, nur um herauszufinden ob es wirklich am Subselect liegt. Probier auch mal EXCEPT/MINUS mit einem einfacheren Beispiel aus. Wenn die beiden Konstrukte wirklich nicht unterstützt werden muss man sich wohl was anderes einfallen lassen.
Edit: Notfalls würde ich die 2 Statements separat absetzen und das MINUS in der Applikation nachbauen (auch wenn's hässlich ist: was anderes fällt mir momentan nicht ein).