Zitatso kann es unter umständen passieren dass ich mit make install ein paar dateien überschriebe, und danach mit emerge diese wieder lösche, da ja emerge nicht weiß dass es die abhängikeiten gibt.
theoretisch schon, praktisch ist es mir eigentlich noch nie passiert, weil sich ein manuelles "make install" nach /usr/local installiert, aber ein ebuild nach /usr. Natürlich, könnten v.a. in /etc sachen überschrieben werden, aber da fallen mir grad 2 geile sachen von portage ein:
1.) konfigurationsdatein in /etc werden nicht einfach überschrieben wenn ich z.b. ein paket upgrade. Sondern es fragt dich, ob du lieber die neue oder alte version verwenden willst, oder du kannst die 2 dateien sogar interaktiv mergen.
2.) globale USE flags:
daher braucht man (meist) ein ./configure gar nicht, weil ich sag 1 mal global, ich will z.b. java und gnome support in programmen deaktivieren, dafür will ich, dass optionale kde oder alsa features von den programmen mitinstalliert werden. Sowas geht soweit ich weiß mit apt-get nicht, weilst du da ja nicht den source zu verfügung hast.