ich fürchte die fragen sind sehr speziell, aber schau ma mal:
1) ich habe mehrere mailboxen definiert und per 'c<TAB><TAB>' bzw 'mutt -y' kann ich sie mir auch anzeigen lassen. funktioniert alles wunderbar. nur scheinen die boxen einfach alphabetisch geordnent zu sein. ich möchte aber zb "stud" _vor_ "junk" haben. nach längerem suchen hab ich dafür eigentlich keine lösung gefunden.
2) ich habe mehrere mailboxen (pirvat, uni, mailinglisten,...) möchte aber, dass mutt nur "beep" macht (set beep_new), wenn neue mails in bestimmten boxen ankommen. zb mag ich es für mailinglisten nicht, da kommen zu viele mails, das stört mich beim arbeiten. folder-hooks scheinen mir hierfür nicht geeignet. workaround wäre: mutt gar nicht beepen lassen und es procmail überlassen. naja, muss ja schöner auch gehen 
Zu 2): procmail ist eine Gute Sache(tm)