Nu ja, du könntest mal in die boot.ini gucken, ob da irgendwas lustiges drinsteht. Etwa von welcher Platte es den Kernel holt und ob sonstige Parameter vielleicht verändert wurden. Falls da überhaupt solche Sachen drinstehen.
Warum Windows auf einmal von der neuen Platte arbeiten will, könnte daran liegen, dass es den SATA-Controller vielleicht vor dem IDE-Controller "sieht", bzw. den SATA-Kontroller bevorzugt. Also auch lieber von Festplatten bootet, die darauf hängen. Dadurch hat es vielleicht ein paar Configfiles geändert. Wüsste jetzt aber leider nicht, welche das sind bzw. ob sie überhaupt zugänglich sind.
Unkonstruktiver Kommentar: Windows tut was es will