Kommt darauf an, was du verwendest - die User sollen eh nicht mit der VM umgehen können, sie merken ja gar nicht, dass sie eine verwenden.
Gibts in den TU-Computerräumen das Microsoft-Office noch, bzw. kann sich noch wer erinnern? Keine Ahnung, ob das eine VM war. Komplett transparent für den User - das ist wirklich jedem zumutbar.
Das ist keine VM - da wird soweit ich weiß die Anwendung remote auf einem Server/Rechenzentrum ausgeführt und nur zu dem Rechner gestreamt - das ist zwar schön transparent, aber beispielsweise offline nicht immer nutzbar. Aber wenn du deinem Kunden (der beispielsweise Win und Linux-systeme nutzt und keine Virtualiserungstechniken einsetzt) einreden kannst, das dein Programm nur funktioniert wenn er zusätzlich (für Firmen) kostenpflichtige Software anschafft, dann kannst du gerne so weiterverfahren - nur wundere dich dann nicht wenn ein anderer Entwickler der auf Java setzt dann den Auftrag bekommt weils unter Strich billiger ist und du dann leer ausgehst.
Back to Topic: Eclipse war schon immer eine lahme und etwas komplizierte IDE - deswegen bin ich damals zu Netbeans gewechselt, was bei Minimalkonfiguration meiner Meinung nach schneller und einfacher ist. Java in Kombination mit javaFX ermöglicht auch schnellere und komplexere GUIs als mit Swing.
Welche Sprache man dann aber im Endeffekt einsetzt hängt stark von der Problemstellung und dem Können und Vorlieben des Programmierers ab.